Una Repubblica alle strette cerca di riprendersi dagli attacchi del Grand'Ammiraglio Thrawn, che ha schierato le rimanenti forze Imperiali e costretto i Ribelli ad arretrare grazie ad una tecnologia abominevole recuperata dalla fortezza segreta dell'Imperatore: i cloni. Mentre Thrawn è pronto al suo assedio finale, Han e Chewbecca tentano strenuamente di dar vita ad una coalizione di contrabbandieri pronta a sferrare un ultimo attacco all'Impero; Leia che sta per dare alla luce i suoi gemelli Jedi, ha invece il compito di tenere assieme l'alleanza. Travolta dalle armate di Thrawn, la Repubblica ha una sola speranza: inviare un piccolo gruppo guidato da Luke Skywalker nella roccaforte che ospita le terribili macchine da clonazione. Lì dovranno affrontare un ultimo grande ostacolo: il Jedi Oscuro C'baoth che dirige la battaglia contro i Ribelli e vuole distruggere Luke Skywalker.