Tenganan, Indonesia. La sagoma di Jason Bourne si staglia nitida nel mirino. Un solo proiettile, e la vendetta di Leonid Arkadin è consumata: Bourne è morto. O almeno così sembra. Perché l'agente segreto che non esiste è miracolosamente scampato alla morte ed è rinato ancora una volta, con una nuova identità e un solo obiettivo: scoprire chi ha tentato di ucciderlo e ricostruire il puzzle sempre più intricato della sua vita. Così, mentre tutti lo credono morto, Bourne diventa il trafficante d'arte Adam Stone, ufficialmente diretto a Siviglia per vendere un preziosissimo dipinto di Goya. Bourne è già in Europa, sulle tracce del suo nemico numero uno, quando nei cieli d'Egitto un aereo di linea americano viene abbattuto da un missile di provenienza iraniana. Per scoprire chi si nasconde dietro quella che ha tutta l'aria di essere una dichiarazione di guerra, la CIA riunisce una task force pronta a collaborare con al-Mukhabarat, la polizia segreta egiziana. Ma le ricerche dell'intelligence americana, guidate da Soraya Moore, finiscono presto per intrecciarsi con quelle di Bourne, scatenando una caccia all'uomo da cui dipende il destino del mondo.