Guerre dei Cloni volgono al termine, eppure nessuno sa se a vincere sarà il Grand'Esercito della Repubblica o i Separatisti: la posta in gioco è tremendamente alta per tutti, sia per i Commando della Repubblica che per i famigerati rinnegati Null ARC. Con le forze della Repubblica allo stremo e un crescente numero di perdite, l'ultima cosa che questi guerrieri avevano bisogno di sapere era che il cancelliere Palpatine nascondeva un esercito segreto di cloni di riserva. Il sergente Skirata, mentore dei cloni Commando, non ha la minima intenzione di restare a guardare Palpatine che li invia in battaglia come agnelli al macello, e inizia così a pianificare la loro fuga dal Grand'Esercito. I suoi eroici sforzi, però, non serviranno a nulla finché non riuscirà a invertire il processo di invecchiamento accelerato dei cloni. Comunque, neppure le armi più letali saranno abbastanza potenti da battere la vera minaccia - l'apocalittico orrore scatenato dalle glaciali parole di Palpatine: ""Eseguire Ordine Sessantasei"", quello che prevede la soppressione di ogni Jedi vivente...