Sono passati 300 anni e l'universo è sotto il potere della Chiesa dei cristiani rinati: i suoi seguaci sono resi immortali grazie a un parassita, e chi non si converte è destinato a morire. Raul Endymion uccide accidentalmente un uomo durante una battuta di caccia, per poi ritrovarsi in uno strano stato tra la vita e la morte. Viene salvato da uno dei pellegrini di Hyperion, Martin Sileno, e si trova così coinvolto nella fuga della giovane Aenea dalle legioni della Pax, intenzionate ad annientare i suoi poteri messianici. Aenea, figlia dell'unione di John Keats e di una dei pellegrini, fugge con Endymion attraverso vari pianeti, entrando in contatto con culture e razze diverse. La ragazza si troverà al centro della battaglia tra lo Shrike e il clone Rhadamanth, inviata dalle Intelligenze Artificiali disposte a tutto pur di cancellare la storia degli uomini.